Doktorand/in für Mikrobiologie und Molekularbiologie (w/m/d)

In der Abteilung Biologische Sicherheit des Bundesinstituts für Risikobewertung (BfR) ist, im Projekt PERMA, vorbehaltlich der Mittelzuweisung ab sofort folgende Stelle zu besetzen:

Doktorand/in für Mikrobiologie und Molekularbiologie (w/m/d)

Kennziffer 3793

Entgeltgruppe 13 TVöD

Dienstort Berlin

Befristet für drei Jahre

Bewerbungsfrist 08.09.2026

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Das BfR erstellt unabhängig auf der Grundlage international anerkannter wissenschaftlicher Bewertungskriterien Gutachten und Stellungnahmen zu Fragen der Lebensmittel-, Futtermittel- und Chemikaliensicherheit und des gesundheitlichen Verbraucherschutzes in Deutschland.
In diesen Bereichen berät es die Bundesregierung sowie andere Institutionen und Interessengruppen. Damit leistet das BfR einen wichtigen Beitrag zum Schutz der Menschen.

Die Tätigkeit findet in der Fachgruppe „Lebensmittelmikrobiologie, Erreger-Wirt-Interaktion“, Nationales Referenzlabor für Escherichia coli einschließlich VTEC statt und dient der eigenen wissenschaftlichen Qualifizierung. Die Beschäftigung erfolgt mit 65 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit (z. Zt. 25,35 Std) und soll zur Promotion genutzt werden. Die Teilnahme am Promotionsbegleitprogramm ist verbindlich. Dieses dient der Vermittlung sowohl fachwissenschaftlicher als auch methodischer Kenntnisse und bietet die Möglichkeit, Promotionsprojekte regelmäßig in internen Veranstaltungen vorzustellen und vom wissenschaftlichen Austausch zu profitieren. Zudem besteht die Möglichkeit das One Health Zertifikates der One Health Platform zu erlagen.

Weitere Informationen zum Aufgabengebiet der Fachgruppe finden Sie hier auf unserer Homepage.

Aufgaben

Die Mitarbeit erfolgt im vom Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt (BMFTR) geförderten Verbundprojekt „PERMA - Eintrag und Persistenz von Zoonose-Erregern aus Nutz- und Wildtieren in Ackerboden und Übertrag in das Grundnahrungsmittel Mehl am Beispiel von Shigatoxin-bildenden und Antibiotika-resistenten Escherichia coli“, Teilprojekt 1 „Eintragswege, Persistenz und Umweltstabilität von pathogenen und antibiotikaresistenten Escherichia coli in der Getreidefeldumgebung“

Shigatoxin-bildende E. coli (STEC) zählen zu den wichtigsten lebensmittelassoziierten Erregern und stellen ein großes Gesundheitsrisiko für den Menschen dar. STEC kolonisieren natürlicherweise (Wild-)Wiederkäuer, werden aber auch immer häufiger in Mehl und Mehlprodukten in Deutschland nachgewiesen. Die Herkunft dieser Kontaminationen ist derzeit vollkommen unbekannt es wird jedoch vermutet, dass der Erreger indirekt über Rindergülle oder Wildtierkot und die Umweltkontamination des Getreideanbaus und der -ernte in die Lebensmittelkette gelangen. Im Verbundprojekt PERMA soll diese Transmissionskette auf zwei Versuchsgütern nachvollzogen und die relative Persistenz und Umweltstabilität von STEC-Stämmen bestimmt werden. Antibiotika-resistente E. coli werden dabei als Surrogaterreger und wegen ihrer intrinsischen (tier-)medizinischen Bedeutung mit einbezogen. Im Einzelnen umfassen die Tätigkeiten:

• Durchführung von Probenahmen auf den Versuchsgütern des Max Rubner Institutes (MRI) und des Friedrich-Loeffler Institutes (FLI)
• Mikrobiologische und Molekularbiologische Untersuchung von Lebensmittel-, Tier- und Umweltproben unter BSL3** Bedingungen
• Mikrobiologische Charakterisierung von bakteriellen Stämmen vorrangig Escherichia coli und Shigatoxin-bildende E. coli (STEC) unter BSL3** Bedingungen
• Molekularbiologische Charakterisierung der Stämme mittels PCR-Methoden und Ganzgenomsequenzierung
• Bioinformatische und statistische Auswertung der Projektdaten
• Teilnahme an den halbjährlichen Projekttreffen des Verbundprojektes
• Unterstützung der Projektleitung in der Administration, Zusammenarbeit mit den weiteren Teilprojekten des Verbundes
• Präsentation und Veröffentlichung der Projektdaten auf nationalen und internationalen Konferenzen und im Rahmen von Open Access Publikationen
• Durchführung von deutschlandweiten Probenahmen im Rahmen der auszuübenden Tätigkeit (mindestens 2mal pro Quartal)

Profil

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom oder ein vergleichbarer Universitätsabschluss) der Biologie, Naturwissenschaften, Veterinärmedizin oder einer vergleichbaren Fachrichtung
• Kenntnisse zu bakteriellen Erregern insbesondere pathogenen und antibiotika-resistenten Escherichia coli
• Erfahrung in der Durchführung von mikrobiologischen Methoden (Anzucht von Mikroorganismen)
• Erfahrung in der Durchführung von molekularbiologischen Methoden (PCR, real-time PCR)
• Kenntnisse in der Durchführung von Ganzgenomsequenzierung
• Erfahrung im Umgang mit Office-Anwendungen
• Kenntnisse in der Datenauswertung mit R oder Linux-basierten open source Tools (command line)
• Bereitschaft zur Durchführung von Probenahmen deutschlandweit (Führerschein Klasse B vorhanden)
• Bereitschaft zur Teilnahme an Projekttreffen, nationalen und internationalen Konferenzen sowie Fort- und Weiterbildungen
• Sehr gute Kenntnisse der deutschen und englischen Sprache in Wort und Schrift
• Eine gewissenhafte Arbeitsweise, Flexibilität, Teamfähigkeit und Belastbarkeit

Bei ausländischen Bildungsqualifikationen wird ein Nachweis über die Gleichwertigkeit mit einem deutschen Abschluss benötigt (siehe: anabin.kmk.org). Der Nachweis muss in deutscher oder englischer Sprache vorliegen.

Erwünscht

• Freude und Engagement bei der Umsetzung der Projektarbeiten
• Hohes Maß an Verantwortungsbewusstsein und Engagement

Wir bieten

• Als familienfreundliches Institut bieten wir verschiedene Teilzeitarbeitsmodelle an
• Flexible Arbeitszeiten ohne Kernarbeitszeit
• 30 Tage Urlaub (5-Tage-Woche) sowie arbeitsfreie Tage am 24.12. und 31.12.
• Vertrauensarbeitszeit
• Attraktiver Zuschuss zum Deutschlandticket Job/Firmenticket
• Möglichkeit des hybriden Arbeitens (bis zu 20% mobil)
• Sehr gute Anbindung an das öffentliche Verkehrsnetz
• Umfangreiche Fortbildungsmöglichkeiten zur fachlichen und persönlichen Weiterentwicklung
• VBL-Betriebsrente / Vermögenswirksame Leistungen
• AWO-Familienservice

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